Ozon jest jednym z najsilniejszych utleniaczy – reagując ze związkami organicznymi (np. bakteriami czy grzybami), powoduje ich utleniane. W związku z tym ozon ma silne właściwości bakterio-, wiruso- i grzybobójcze. Z badań wynika, że skutecznie zwalcza takie patogeny, jak Streptococcus mutans, paciorkowiec kałowy, pałeczka ropy błękitnej, grzyby Candida albicans, i to w bardzo krótkim czasie. Woda ozonowana potrafi zwalczyć niektóre drobnoustroje nawet w 30 sekund lub w ciągu 1 minuty.

Właściwości te wykorzystuje się w stomatologii, w celu leczenia próchnicy oraz zakażeń miazgi zęba. W periodontologii ozonem leczone są zapalenia dziąseł i przyzębia, afty oraz kandydoza jamy ustnej. Poza tym ozon wykorzystuje się w implantologii i chirurgii stomatologicznej, gdyż zapobiega występowaniu powikłań pooperacyjnych, przyspiesza gojenie, umożliwia zahamowanie przedłużonego krwawienia i zmniejsza obrzęki. Z kolei protetycy stosują ozon, ponieważ zmniejsza on ryzyko wystąpienia próchnicy pod zakładanymi uzupełnieniami protetycznymi, koronami, mostami lub licówkami.